Ngữ hệ Nam Đảo được hình thành theo phương pháp so sánh ngôn ngữ dựa trên cơ sở từ cùng nguồn gốc, các tập hợp từ tương tự trong cách phát âm và ý nghĩa có thể thể hiện chúng có nguồn gốc từ những từ tổ tiên giống nhau trong tiếng Nam Đảo nguyên thủy theo quy tắc thông thường. Một số tập hợp từ cùng gốc rất ổn định. Từ mắt trong nhiều ngôn ngữ Nam Đảo là mata (các ngôn ngữ Nam Đảo xa nhất về phía bắc miền Bắc, nhóm ngôn ngữ Formosa như tiếng Bunun và tiếng Amis đến phía nam như tiếng Maori). Các từ khác có khó khăn hơn để xây dựng mối liên hệ. Từ hai cũng là một từ ổn định, nó xuất hiện trên toàn bộ phạm vi của các ngôn ngữ Nam Đảo, song một số dạng (tiếng Bunun rusya, lusha; tiếng Amis tusa; tiếng Māori tua, rua) yêu cầu cần phải được một số chuyên gia ngôn ngữ học công nhận. Cơ sở dữ liệu từ vựng cơ bản Nam Đảo đưa ra một danh sách từ cho xấp xỉ 500 ngôn ngữ Nam Đảo[2].